Båda kommer att funka bra och du kommer förmodligen inte märka någon skillnad på dem.
Men... det billigare är mindre format (mATX). Vilket kan se lite tomt ut i fullstora chassin (ATX), men fördelen är också att man kan använda mATX anpassade chassin ifall man vill. Sen bör man alltid tänka på att man har alla usb portar, m.2 platser, fläktportar osv. Men bägge moderkort verkar ha det som 99% av användare behöver.
VRM är moduler på moderkortet runt processorn som styr strömmen till processorn. Bland dessa två så har det dyrare lite fler VRM moduler och kan då i teorin fördela strömmen "bättre". Men så länge det inte är high end processorer (typ 7900x/7950x) så är det nog ingen märkbar skillnad.
VRM kan behöva kylning. Ett exempel på en VRM kan du se på ASUS moderkortet ovanför sockeln. Vid varje VRM sitter en MOSFET som ser ut som en liten grå rektangel. De sitter oftast några ovanför sockeln och flera till vänster om sockeln. Båda moderkorten har som du kan se en kylfläns på alla VRM till vänster om sockeln. En "klump" aluminium som fördelar värmen och hjälper att kyla. Som du kan se på ASUS modekortet så har den ingen kylfläns på sina VRM på ovansidan, medan MSI kortet har det. Kommer det göra skillnad med en lättdriven processor? Troligtvis inte. Men hade det gällt en 7950x processor så hade MSI moderkortet varit säkrare.
Sen en sak som jag stör mig lite på med ASUS moderkotet. Nu när SSDer har blivit väldigt snabba så kan de också bli varma under längre skriv-/lästider. Många moderkort har börjat inkludera en kylfläns som kan hjälpa kyla dessa SSDer. På MSI moderkortet är det den delen mitt på moderkortet där det står "Lightning Gen 4". ASUS moderkortet har tyvärr inte en sådan och därmed är jag lite osäker på ifall det är värt att köra en supersnabb SSD på det moderkortet. Därför valde jag en lite sämre SSD i det paketet då den inte behöver den extra kylningen. Ska dock nämna att jag inte tror man märker någon skillnad alls i gaming och vardagsanvändande om hastigheten på ssd'n är 3500mb/s eller 7000mb/s.
TL DR;
MSI moderkortet är ATX har bättre VRM, VRM kylning, samt en kylfläns till SSD medföljer. Tror det inte kommer att ha någon påverkan alls i denna datorn dock.